Farmakofor atau pharmacophore
adalah konfigurasi spasial fitur penting yang memugkinkan molekul ligan untuk
berinteraksi dengan reseptor target tertentu. Dengan tidak adanya struktur
reseptor dikenal, farmakofor dapat diidentifikasi dari suatu sel ligan yang
telah diamati untuk berinteraksi dengan reseptor sasaran. Sebuah farmakofor
didefinisikan sebagai susuanan 3D fitur yang sangat penting untuk molekul ligan
untuk berinteraksi dengan reseptor target dalam situs pengikatan tertentu.
Setelah diidentifikasi, farmakofor dapat
berfungsi sebagai model penting untuk screening virtual , terutama dalam
kasus dimana struktur 3D dari reseptor tidak diketahui dan teknik docking yang
tidak berlaku (Dror, et al, 2010). Farmakofor merupakan posisi geometrik tiga
dimensi dari gugus-gugus yang terdapat di dalam suatu ligan yang membentuk
suatu pola yang unik yang dapat dikenali oleh reseptor secara spesifik yang
bertanggung-jawab terhadap proses pengikatan ligan dengan suatu reseptor dan
aktivasi reseptor tersebut (Thomas, 2007).
Pendekatan farmakofor telah
menjadi salah satu alat utama dalam penemuan obat. Berbagai metode berbasis
ligan dan berbasis struktur telah dikembangkan untuk permodelan farmakofor yang
lebih baik dan telah berhasil dan diterapkan luas. Fitur pendekatan farmakofor
ini diharapkan dapat memperkecil waktu dan biaya dalam penemuan dan
perkembangan obat baru. Fitur khas pada farmakofor yaitu : sentral hidrofobik,
cincin aromatik, akseptor atau donor hidrogen, kation dan anion. Titik farmakofer
ini bisa saja terletak pada ligand itu sendiri atau bisa terletak di reseptor.
DAFTAR PUSTAKA
Dror, Orant, et al. 2010. A Novel Approach Efficient
Pharmacophore Based Virtual Screening. Available at
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2767445 [ Diakses pada 14 Oktober 2017].
Thomas, E, et al. 2007. Identification anfd Preiiminary
StructureActivity Relationship, Journal Of Natural Product , Vol 7 (8):
1278-1282.
Pertanyaan :
1. bagaimana cara menentukan farmakofor ?
2. apa fungsi utama farmakofor ?
3. apakah dalam satu struktur senyawa obat dapat memiliki farmakofor yang berbeda beda ? tolong jelaskan
4. mengapa farmakofor merupakan suatu alat dalam penemuan obat ? tolong jelaskan
5. bagaimana cara menentukan letak farmakofor dalam suatu senyawa?
jawaban n0 2. untuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yangberperan terhadap proses pengikatannya. Terima kasih
BalasHapussaya akan menambahkan jawaban kak dayang gugus farmakofor penting (gugus fungsi), yaitu bagian molekul obat yang dapat memberikan aksi farmakologi. jd fungsi utama nya adalah mengetahui apakah suatu senyawa memiliki efek farmakologis atau tidak
Hapusjawaban no 5. Dengan memperhatikan fitur dari farmakofor itu sendiri, yaitu :
BalasHapusHBA (Hydrogen Bond Acceptor), HBD (Hydrogen Bond Donor),Hidrofobik, Cincin Aromatik. Terima kasih
apakah cara ini menggunakan suatu aplikasi ? atau bisa di gunakan secara manual day ?
Hapusmenurut saya secara manual bisa dengan terlebih dahulu memahami komponen komponen tsb terkait dengan seperti apa itu HBA HBD , ataupun memahami cincin aromatik , ikatan van der walls , jika kita paham ttg bagian bagian itu dengan melihat struktur secara manual bisa diidentifikasi farmakopornya , cmiiw thx
BalasHapussaya akan mncoba menambahkan jawaban dr saudari amelia soyata
Hapusmnrt saya utk mnentukan farmakopor yaitu
Identifikasi farmakofor nya
· Menentukan posisi 3D obat dengan target
· Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor
· Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul
· Penting sebagai dasar merancang obat
· Penting dalam hal menemukan obat baru
apakah tidak memakan waktu yang lama untuk menggunakan cara manunal ?
HapusMenurut saya tergantung lagi dr bentuk stukturnya. Jika masih dlm bntuk sederhana , kemungkinan dpt di indentifikasi farmakofor nya dgn cepat. Namun bila strukturnya trlalu kompleks mungkin lebih baik menggunakan aplikasi utk menghemat waktu .terimakasih.
Hapussetau sy untuk farmokofor pd suatu obat yg memiliki efek biologis berbeda, memiliki farmakofor berbeda pula krna farmakofor inilah yg berikatan dgn reseptor sehingga mnimbulkan efek biologis
BalasHapusapakah dalam suatu senyawa dapat memiliki farmakofor yang lebih dari satu ?
Hapus2. farmakofor digunakan untuk menentukan efek biologis darisuatu obat dengan melihat ikatannya pada reseptor
BalasHapusapakah hanya farmakofor yang dapat menentukan efek biologis dari suatu obat ?
HapusNo.4, menurut saya karena dengan farmakofor, dapat diidentifikasi ikatan yang terjadi antara molekul obat dengan reseptornya, sehingga dapat ditentukan efek biologis yang dihasilkan, dimana dalam menemukan obat, kita harus mengetahui struktur dari reseptor dan efek apa yang diinginkan dari obat tersebut sehingga diperlukan identifikasi farmakofor
BalasHapusJawaban nomor 2 yaitu Farmakofor merupakan deskripsi abstrak dari fitur molekul yang penting untuk rekognisi molekul ligan berdasarkan fungsi makromolekul biologisnya. Menurut (IUPAC), framakofor merupakan ensembel fitur sterik dan elektronik yang diperlukan untuk memastikan interaksi supramolekuler interaksi yang optimal dengan struktur biologis target yang spesifik dan untuk memicu atau memblok respon biologisnya. Farmakofor tidak merepresentasikan kondisi nyata molekul atau asosiasi gugus fungsional secara nyata, namun merupakan konsep abstrak yang berhubungan dengan kapasitas interaksi molekuler secara umum dari kelompok senyawa berkaitan dengan struktur targetnya. Farmakofor dapat didefinisikan sebagai denominator umum terbesar yang ditunjukan oleh set molekul yang aktif. Definisi ini menghilangkan kesalahan yang sering ditemukan pada literatur kimia medisinal yang mengandung penamaan farmakofor fungsional kimia sederhana seperti guanidin, sulfonamida atau dihidroimidazol (bentuk imidazolin), atau tipikal struktural skeleton seperti flavon, fenotiazin, prostaglandin atau steroid.
BalasHapusjawaban no 2
BalasHapusuntuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yangberperan terhadap proses pengikatannya
Fungsinya yaitu dalat menemukan bagian molekul obat yang dapat memberikan aksi farmakologi.
BalasHapusno 2
BalasHapusbagian molekul obat yang dapat memberikan aksi farmakologi sehingga dapat menentukan sel target dan berikatan dengan reseptornya sehingga memberi efek farmakologis yang tinggi.
Saya akan menambahkan, menurut sumber yang saya baca Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkanuntuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.Bioisoster adalah gugus yang secara biologis ekivalen tetapi secara kimia belum tentu ekivalen, dapat digunakan untuk mempromosikan optimasi sifatbiologis obat.
BalasHapusjawaban n0 2. untuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yangberperan terhadap proses pengikatannya. Terima kasih
BalasHapusfentingnya farmakofor untuk menjelaskan struktur senyawa yang penting untuk pengikatan dengan reseptor dan menghasilkan farmakofor yang dapat digunakan untuk mengukur fitur struktur dari reseptor obat yang penting untuk aktivitas biologisnya dengan melihat aspek yangberperan terhadap proses pengikatannya
BalasHapusUntuk soal no 1
BalasHapusMenurut saya yang harus dilakukan adalah dilihat dulu bagaimana bentuk reseptor, kemudian menentukan tumbuhan yang memiliki struktur dasar kimia yang mirip dengan reseptor tersebut. Kemudian struktur dasar tadi di identifikasi dan dilakukan modifikasi struktur sampai ditemukan kerja ke efektifan dr struktur yang sudah dimodifikasi td